在不遠的未來，海平面原因不明地急速上升，導致了地表多數都沉入海中。 小時候因為事故而失去一條腿的少年斑鳩夏生，厭倦了都市的生活，移居到了海邊的鄉村小鎮。 曾經身為海洋地質學家的祖母留給他的，就只有船、潛艇還有債務。 夏生為了取回「失去的未來」，潛海前往據說沉睡着祖母遺產的海底倉庫。 在那裡，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般裝置中不可思議的少女「亞托莉」。 她是一位構造精密到與人類別無二致，而又感情豐富的機器人。 從海底被打撈起來的亞托莉如是說道。 「我想完成主人留給我的最後的命令。在此之前，我會成為夏生先生的腿！」 在一個逐漸沉入海中的平靜小鎮，少年和機器人少女的難忘夏日就這麼開始了。