30年前，未知的「侵略性外來生物」突然出現，世界曾一度瀕臨毀滅。人類與這些被稱為「侵略種」的生物相互爭奪生存空間。雖然目前人類的安全勉強得到了保障，但世界隨時可能走向終結。人們在恐懼死亡與毀滅的同時，只能對危險和災難視而不見，麻木地過着日常生活。在這樣的世界裡，聯合國危險生物調查機構「EXCEEDS」為了抵禦「侵略種」帶來的危機與災害，開始了行動。故事的開端位於遠東的島國「瑞穗」。一位在離島上生活、以驅除「侵略種」為業的獵人少女——久瀨椎名。她唯一的願望就是與家中唯一的親人妹妹剎那平靜地生活下去。然而，降臨在椎名身上的事件究竟是——？