是一切的開始── 預知了殖民衛星墜落的三名小孩被稱為「奇蹟的孩子們」。 宇宙世紀0097，「拉普拉斯之盒」開啟後一年。 原本行蹤成謎的獨角獸鋼彈3號機 鳳凰突然現出蹤影。 聯邦軍中過去被稱為「奇蹟的孩子們」的約拿與羅商會的蜜雪兒， 兩個人參加了「狩獵不死鳥」，追逐鳳凰！ 為了各自的願望──